Una vez aprobado el Proyecto de tesis, el estudiante se convierte en Candidato a Doctor e inicia la redacción de su trabajo de tesis doctoral. Durante el tiempo involucrado en el desarrollo del trabajo de tesis, el candidato deberá rendir ante su Comité de tesis dos instancias: la Actividad anual de seguimiento I y la Actividad anual de seguimiento II. La primera de ellas se realiza dos semestres después de la realización del Examen de candidatura y se inscribe como curso, junto con la asignatura Tesis II, y se califica al final del semestre. La Actividad anual de seguimiento II, por su parte, se inscribe en el séptimo semestre del Programa, junto con la asignatura Tesis IV, y se califica asimismo al final de dicho semestre.
Estas Actividades han sido diseñadas previamente, y poseen una parte escrita y otra oral. En ellas se presentan ante el Comité los avances de la tesis comprometidos en el Plan de trabajo que se diseñó en el Proyecto de tesis. Además, se sostiene una entrevista con dicho Comité a fin de comentar dichos avances, recibir sugerencias, etc. Las Actividades anuales de seguimiento no otorgan créditos, pero deben ser aprobadas ante el correspondiente Comité de tesis. Esto asegura un seguimiento y asesoramiento constante y plural durante la redacción de la tesis.