El programa de Doctorado en Filosofía fue creado el 11 de octubre de 1991 y recibió a su primera generación de estudiantes en marzo de 1992, habiendo promovido hasta la fecha (marzo de 2021) la graduación de 58 doctores/as en Filosofía.

En sus casi tres décadas de funcionamiento, el programa ha participado en cuatro procesos de acreditación (años 2000, 2005, 2009 y 2016) y en la actualidad se encuentra acreditado por siete años, hasta el año 2029. Por otro lado, seis Jefes de Programa se han sucedido desde 1992 hasta la fecha (2019): Profesor Luis Flores Hernández (1991-2003); Profesor Alejandro Vigo (2003-2006); Profesor Jorge Martínez (2006-2010), Profesor Manuel Correia (2010-2014); Profesora María Alejandra Carrasco (2014-2017); Profesor Francisco De Lara (2017-2020) y Profesor Marcelo Boeri (2020 hasta el presente).

A lo largo de su historia, han sido Profesores del Programa de Doctorado en Filosofía de la UC destacadas personalidades nacionales y extranjeras, tales como Ernst Tugendhat, Jorge Eduardo Rivera, Carla Cordua, Alejandro Vigo, Rolando Chuaqui o Alfonso Gómez-Lobo.